取精选后的黄豆用水浸泡10-24小时；然后在100℃以上的温度下蒸煮20-60分钟，蒸煮后的熟豆冷却至20-40℃时；均匀喷入纳豆菌液，在温度35-45℃、相对湿度50-90％条件下发酵培养18-30小时；将发酵好、产生较多的透明粘丝的纳豆置于0-10℃冷藏室内冷藏24小时以上；取出，进行冷冻干燥，粉碎，过40-80目筛。
把煮熟的大豆趁热装在用纳豆菌做成的稻草器皿里，利用稻草上附着的纳豆菌自然发酵而做成的。用这种方法做成的纳豆中，除了纳豆菌以外，还含有其他杂菌，不仅卫生不过关，而且质量也不好。
