降低氨氮、亚硝酸盐及重金属含量起到解毒作用
养殖后期，随着残饵、粪便、动植物尸体等含氮有机物质不断增多，而硝化细菌的繁殖速度很慢，致使有机物质分解产生的氨氮、亚硝酸盐等有毒物质无法继续转化成无毒的硝酸盐，使养殖对象抗病力降低，易招致各种病原菌的侵袭，严重时甚至造成养殖对象急性中毒死亡。一些研究结果表明小球藻在水体中生长，不仅能释放氧气，促使亚硝酸盐转化为硝酸盐，而且小球藻特别喜欢氨氮和亚硝酸比较高的水体，可直接吸收利用氨态氮和硝态氮，使得水体中的氨氮、硝酸盐、亚硝酸盐含量大大降低并且不易反弹。在重金属污染的环境条件下，小球藻能够被诱导产生一种植物螯合的金属结合蛋白和金属硫蛋白，这两种蛋白靠多肽结合有毒的金属离子解毒，能缓解有机物、重金属等中毒的水生动物病状。
