黄曲霉毒素检测方法主要有薄层分析法和液相色谱法、酶联免疫法、毛细管电泳法、荧光光度法。
黄曲霉毒素是致癌的真菌毒素，毒性很强，需通过检测排查，并控制使用范围。
1.薄层分析法：这是常用的国标方法，萃取后净化分离，通过利用该毒素具有的荧光特性，比较荧光斑点强弱来确定具体的含量。这种检测方式灵敏度不佳，并且对身体有一定的危害。
2.液相色谱法：远离也是通过荧光检测器来确定含量，大多是用免疫亲和柱进行净化和分离，净化效果比较好，可以分离各种类型的黄曲霉素，比如AFB1及AFB2等，但是对检测人员的健康仍然是有危害的。
3.酶联免疫法：主要是根据抗体以及抗原间特异性出现的免疫学反应判断，然后用酶活力的测定方式增强灵敏度，对人体的危害是比较小的，但是重复性比较差，并需对含盐及脂肪丰富的式样做另外处理。
4.毛细管电泳法：通常需要和激光减弱荧光检测仪器一起使用，灵敏度比较高，分离效果佳，对AFB2测定灵敏度是很好的，操作上较为复杂。
5.荧光光度法：使用荧光光度计测黄曲霉素当中的荧光特性差异，检测速度比较快，可用于大量的试样进行检测，并且对操作人员的身体健康没有明显危害。
