因为科举制禁锢了人的思想。明朝科举发展为八股取士制，考试内容严格限制在四书五经范围之内，文体格式一律为八股文，严禁考生在文中抒发异于儒学的个人思想观点，只能述说孔孟之言，因而禁锢了学术思想文化的发展，而八股高中之人，多为人云亦云的书呆子。
科举根本不是像教科书中说的那样只考八股文，实际上八股文是科举最为无用的一部，其余策论（类似公务员的申论），公文写作，时事看法才是真正重要的，死抱着四书五经不放，一门心思写八股的人根本不可能中进士，顶天当个举人罢了，然则举人实际上在明清时期是基本不能当官的。像孔乙己范进这类腐儒，即使是在古代也是被鄙夷的对象。天朝教科书有个习惯就是喜欢什么东西都绝对化，选择性教育，很容易给人造成一些错误的感觉。
科举源于隋唐，在这之前一直实施的九品中正制，在魏晋之后已然成为了门阀士族垄断政治的工具，说白了就是拼爹。不管你有多大的才能，都必须有人推荐，然而有资格推荐的人都是士族，谁会为寒门弟子考虑？这就是所谓“上品无士族下品无寒门”的说法。而科举打破了士族的垄断，寒门学子也有了出人头地的机会，这难道是毒害？至于明朝，掌权之人全是进士，勋贵根本无法过问朝政。试问在当时还有什么政策能比科举更好？当时的西方知识分子对科举羡慕不已，直到十八世纪，伏尔泰还称赞科举是中国最伟大的创举之一。
至于说到科举的毒害，说实话跟科举没关系，完全是伪清入主中原后，为了奴化读书人的思想，不准读书人有自己的意识，才把科举弄得僵化死板，培养出了一群群奴才，犬儒。如果LZ读了明朝和伪清的进士写的应试文章，就会发现二者之间思想相差之大，进而感叹伪清对中华荼毒之惨了。
