如果在退票时12306多收了退票费，可以根据以下步骤进行处理：
1.登录12306官网，点击“订单查询”并输入订单号和密码查询相关退票信息。
2.查看实际退款金额是否与实际扣款金额一致。如果存在多扣的情况，可点击“在线客服”或者“联系我们”进行线上或电话咨询。
3.如果确认是12306系统错误造成的多扣费用，可以在12306官网或者APP上进行线上申诉并提交相关退款信息。如果需要提供相关证明资料，可以凭证明资料将退款申请提交至车站办理窗口或者铁路部门进行处理。
需要注意的是，在处理退款问题时，应保留好相关车票以及相关支付凭证等证明材料，以便后续处理。如果情况较为复杂或是遇到问题不知道如何处理时，建议及时向有关部门咨询或求助。
12306网上退票，款项扣错了，发现后可以向购票平台申诉，购票平台申查通过后，会给你正确处理的。
目前，乘客在网上办理改签差额或退款成功后，一般是一周内退款到账，退款返回到当初你支付的银行卡或账户中。最晚不会超过21个工作日到账。如果超过21个工作日没有到账，乘客可以向12306进行投诉。如果你是在火车站窗口使用现金买票后再进行退票的话，那就是直接给你现金的，扣除手续费用；如果当时是银行卡或其它网上支付的购票的话，那即使在火车站窗口退票，也是退回到原来的卡号或账户中
