第1集：平行宇宙
隐居在第一平行宇宙地球的玄易子，一直以来都守护着一把关乎七大平行宇宙存亡与否的钥匙，十万年来都相安无事。但他万万没有想到，就在今天，冥王四大护法之一的狮王已经率领着冥界战士穿越时空来到了地球，他正是要来拿回这把钥匙。看似风平浪静的地球，其实正在酝酿着一场腥风血雨的大战。但地球中的两位普通中学生火麟飞和苗条俊，还丝毫没有察觉到危险正一步步在靠近他们，他们还在忘情的追求着一位偶遇的妙龄少女天羽。但这位天羽却让他们卷入冥界战士的追杀之中，最后还要随天羽一起逃亡。
第2集：玄易大师
天羽带着火麟飞和苗条俊逃到了玄易子的隐居之地，原来天羽是玄易子的徒弟，而且还是一位维护宇宙和平的超兽战士。她与火麟飞和苗条俊的偶遇，其实也是天羽精心安排的，目的是为了招募他们加入超兽战队一起对抗冥王，因为他们在十万年前也是超兽战士。但火麟飞和苗条俊对于这突如其来的一切即怀疑又抗拒，此时此刻他们只想离开这里，回到自己平静的生活之中。但一切都太迟了，狮王已经来到了这里，他要索回那把钥匙，那把开启玄冥之棺的钥匙。
第3集：狮王超兽
为了保护这把钥匙，天羽和玄易子拼死对抗着狮王，但最后狮王召唤出巨大无比的超兽，正要对天羽痛下毒手。危难之际，火麟飞挺身而出，拿出钥匙来换取天羽的性命。狮王一见到火麟飞竟然大吃一惊，从狮王的言语中看得出狮王是认识火麟飞的，他还把一个能召唤出超兽的异能锁交给火麟飞，这一切让火麟飞完全摸不着头脑，正想询问清楚时，狮王已经带着钥匙离开了，留下重重的谜团给火麟飞。
第4集：使命召唤
火麟飞有太多的谜团需要玄易子解答，于是玄易子一一告诉他，最后说到了这把钥匙，火麟飞这才知道这把钥匙的重要性。但现在钥匙已经落入狮王手中，这昭示着冥王很快就会复活，七大宇宙很快就会被黑暗吞噬。如今，玄易子唯一能做的就是尽快集结七大宇宙的超兽战士，一起前往冥界阻止冥王复活。火麟飞和苗条俊为了将功补过，决定也加入超兽战队一起讨伐冥王。但此刻，他们将要面对第一个挑战，因为狮王的副手银狮正率领着大军入侵地球，他们要斩草除根。
第5集：冥王复活
玄易子启动玄武号飞船，迎战由银狮率领的舰群。火麟飞和天羽驾驶着闪驰出外作战，而苗条俊则留在飞船内跟玄易子学习操作玄武号。最后火麟飞在玄易子的指点下，发出了绝技将银狮打败。首战告捷，但大战才刚刚开始，因为狮王已经解开了元冥之棺的封印，冥王在七天后将会复活，同时狮王还派遣了几位大将——龙莹、鲸鲨王、夜凌云镇守在各大平行宇宙中，拦截超兽战队的进发。但燃眉之急是，铺天盖地的冥界战船已经集结在地球前，他们想把玄易子等人扼杀在第一平行宇宙中。
第6集：使命轮回
面对这场不可战胜的战役，火麟飞和天羽尝试召唤超兽想力挽狂澜，可惜他们还没掌握到召唤超兽的技巧，最后都以失败告终。面对死亡的威胁，玄易子临危不乱发出终极绝技——元空灭，将自己与冥界的舰群一起封印在元空间中。火麟飞等人得以脱险，但却失去了玄易子。火麟飞等人痛定思痛，继续前往冥界完成使命。他们下一站将是第二平行宇宙——龙族世界。
第7集：第二平行宇宙
为了拦截火麟飞他们，狮王一早就派遣了龙莹镇守在第二平行宇宙中。但奇怪的是，龙莹一来到龙族世界，就以复仇的名义对青龙族人大开杀戒，目的是要取青龙族族长剑龙的首级，这是龙莹与剑龙之间埋藏了十万年的恩怨。但无人知道这是一段怎样的恩怨。与此同时，火麟飞等人也到达了第二平行宇宙，他们刚一降落就受到了一名青龙族人龙戬的攻击，双方一番打斗过后，才知道是一场误打，原来龙戬就是这个宇宙的超兽战士。
第8集：蝎王超兽
龙戬领着火麟飞等人前往水龙城，这时龙戬才发现自己的师父剑龙已经惨死在龙莹手下。不仅这样，如今连天羽也惨遭毒手，被龙莹的毒尾刺伤。于是龙戬和火麟飞一起联手对抗龙莹。但龙莹很快就召唤出毒蝎超兽，火麟飞和龙戬他们很快就招架不住。他们想尝试召唤出超兽，但火麟飞一召唤超兽就全是列火焚身，而龙戬则冰冷无比，在危机关头幸好苗条俊驾驶这玄武号救了他们，但天羽却被龙莹给抓去。火麟飞毅然前往营救，不料却陷入龙莹军团的包围。
第9集：热血交融
火麟飞负伤陷入重围，关键时刻龙戬出现，一起迎战龙莹。奇怪的是龙莹似乎认识龙戬，但龙戬却没有理会她，二话不说大打出手。但终究还是不敌，龙戬和火麟飞被双双打败。两人被重重包围，以为必死无疑，临死前惺惺相惜的握手道别，谁知两人的鲜血碰到一起，突然能量大增，苗条俊看出玄机，立即让他们尝试召唤超兽，结果真的召唤出麒麟超兽及青龙超兽，原来他们的血可以互相调和，从而使他们召唤出超兽。面对两只超兽，龙莹却毫无惧色，毅然召唤出蝎子超兽，两派对峙。
第10集：往事如烟
麒麟超兽和青龙超兽一起联手迎战蝎子超兽，双方的决战激烈无比，在战斗过程中，龙莹再次怀疑龙戬的身份，于是询问他是否在十万年前救过一个小女孩。原来在十万年前，龙莹也是属于龙族世界的人，他的父亲就是白龙族族长龙飞，当时白龙族和青龙族为了争夺异能锁的拥有权而展开比武。龙飞和剑龙走上了比武台。最后的比武结果是龙飞胜出，但他却在擂台上死于非命，白龙族人及龙莹误以为是剑龙下毒陷害，从此两族人种下了祸根，龙莹也由厌倦战争的小女孩变成残酷嗜血蝎子女。龙莹与青龙的恩怨就是这样而来。
第11集：超兽神二合体
龙莹回忆往昔，心情澎湃不已，蝎子超兽越战越猛，火麟飞和龙戬渐渐不敌。危难之际，二人合体把蝎子超兽打败。龙莹在临死前终于看到了龙戬的真面目，他确定龙戬就是在十万年前救过自己的黑衣人，这究竟又是怎么一回事呢？龙戬不得而知，他只知道龙莹在化为烟云消散时，留下了一个异能锁，一个镶嵌着一只狰狞蝎子的异能锁。
第12集：第三平行宇宙
超兽战队又加入一名新成员，他就是龙戬，于是他们一起前往第三平行宇宙。他们在这里遇见了一名备受鲸鲨族人欺负的奴隶——泰雷，其实他也是这个宇宙的超兽战士，但却毫无斗志，甘愿成为奴隶。火麟飞他们出手对抗鲸鲨族人，想为金象族人及泰雷争取自由，不料却遭到泰雷的无情拒绝，如此一来，不但连累了泰雷使他背上了造反之名，连他们也被视为追杀对象。
