第一、生长环境不同，裸藻生长在湿地、墙上等处。裸甲藻多见于淡水，在沉水的岩石和木头，或漂浮在死水表面，也有生活在土壤或海水中的种类。
第二、形态特征不同，裸藻色泽翠绿。裸甲藻的体型多种多样，有丝状体等。
裸藻和裸甲藻是两种不同的单细胞藻类，它们的区别主要在以下几个方面：
1. 细胞形态：裸藻的细胞形态为长条形或椭圆形，而裸甲藻的细胞形态为圆形或卵圆形。
2. 细胞壁：裸藻没有细胞壁，而裸甲藻有一个由硅质构成的外壳。
3. 生境：裸藻主要生长在淡水或海水中，而裸甲藻则主要生长在海水中。
4. 营养方式：裸藻是光合自养生物，能够利用光能进行光合作用合成有机物质；而裸甲藻是异养生物，需要通过吞噬其他生物或吸收有机物质来获取营养。
5. 种类数量：裸藻的种类比裸甲藻多，裸藻已知的种类有数千种，而裸甲藻只有几百种。
