区别如下:
1.树干上的不同，圆柏的直径大约可以达到3.5米，树皮的外表颜色比较深，为深灰色，从远处看外型上呈现出长尖塔形，枝条像不同的方向均匀的分布，小枝一般比较直立或者是稍微的形成弧状的弯曲。侧柏的直径为1米左右，树皮比较薄，外表颜色为浅灰褐色，较浅一些，从远处看外型上呈现出圆锥的形状，小枝条比较的纤细，几乎向一个方向延伸，排成一个平面。
2.花朵上的不同，圆柏的雄花呈现椭圆形，长度大约2.5到3.5毫米左右，雄蕊一般为5到7对。侧柏的雄花呈现卵圆形，长度大约为2毫米，雌花为近球形，直径大约2毫米，颜色为蓝绿色，上面覆盖着白粉。
在以下几个方面存在显著差异：
外观形态：圆柏的树干挺拔，树冠呈圆锥形，叶片颜色为深绿色，树皮外表呈深灰色。侧柏的树干则相对较粗壮，树冠呈圆锥形或椭圆形，叶片颜色为浅绿色，树皮外表呈浅灰褐色。
生长习性：圆柏具有较强的适应力，耐旱、耐寒、耐贫瘠，而且对土壤的要求不高。侧柏则相对更喜欢光照充足的环境，且较耐高温和干旱，但不耐寒。
应用价值：圆柏因为适应能力强、观赏价值高的特点，常被用于城市绿化、庭院栽培。侧柏则因为其耐旱、耐高温的特性，而经常被用于荒山造林或公路绿化。
植物属性：圆柏属于柏科圆柏属，是一种常绿乔木植物。而侧柏则属于柏科侧柏属，是一种常绿或落叶乔木植物。
植物价值：圆柏除了具有观赏价值外，其木材还可用于建筑材料、家具制造等。侧柏则因为其较强的抗污染能力，而被用于工业污染防治、城市美化等领域。
叶子形态：圆柏的叶子是鳞形叶，通常在枝条上呈斜上方伸展。而侧柏的叶子则是全部为鳞形叶，小枝条上的叶子呈扁平状，排列方式比较整齐。
种子形态：圆柏的球果是肉质的，成熟后不会开裂，里面的种子有2-4个。而侧柏的球果里面一般有一到六颗左右的种子，成熟后果实会开裂。
