三个层次包括：
（1）企业管理层；
（2）项目管理层；
（3）施工作业层。
三个层次之间的关系：
（1）项目管理层服从于企业管理层，企业管理层服务于项目管理层，施工作业层与项目管理层是经济合同关系。
（2）企业管理层与项目管理层是授权委托关系，项目经理是建设公司法定代表人在工程项目上的委托代理人。
（3）项目经理部行政上受建设公司直接领导，业务上接受建设公司各专业职能部门的指导、监督管理和考核；经营管理上受《项目管理目标责任书》的约束，对建设公司和参建的施工单位负责。
（4）施工作业层必须服从于项目经理部的统一指挥、协调。凡不服从项目经理部管理的，征得企业法定代表人同意，项目经理部有权予以清退。
1、企业管理层，即建设公司，包括建设公司领导层和建设公司各管理部门。它具有三个主体特点：市场竞争主体、合同履约主体、企业利益主体。
2、项目管理层，即项目经理部。它具有三个“一次性”特点：企业法人一次性授权管理机构、一次性临时组织、一次性成本中心。
3、施工作业层，即内部专业公司作业层或外部分承包商，包括内部专业公司派出的施工作业队和参与项目施工的合格分承包商、劳务队伍。
