兰花消毒通常使用多菌灵或高锰酸钾，这两者也是比较通用的消毒药物。多菌灵溶液可以喷洒叶面，也可以浸泡根部。高锰酸钾溶液主要用来为根部消毒。除此之外，甲基托布津和百菌清等也有消毒的功效。
兑水稀释：无论是多菌灵还是高锰酸钾，都需要对足够的水才能使用。多菌灵溶液的含量要控制在千分之一左右，高锰酸钾溶液要稀释到粉色才能用。浓度太高会对植株造成伤害。
根部消毒：根部消毒可以用多菌灵或高锰酸钾。将植株从盆中小心取出，去掉部分旧土，让它的根部暴露出来。之后将老根和烂根剪除，并用消毒液浸泡一下。这种方法通常在烂根或换盆时进行，消毒后要晾干再重栽，避免消毒液残留在土壤中。
使用高锰酸钾给兰花根消毒的比例是1:2000，把高锰酸钾溶液稀释成粉红色，然后将预先清洗过的兰花根部浸泡在高锰酸钾溶液里面30分钟，之后拿出晾干即可，操作起来是比较简单的。
高锰酸钾属于一种杀菌剂，把兰花根部浸泡在高锰酸钾溶液里面相当于杀菌消毒了。一般在给兰花上盆前，建议浸泡高锰酸钾溶液来给根部消毒。上盆以后为了防腐，可以在浇水的时候混合一点高锰酸钾一起浇灌，这样效果会更好。
但是，使用高锰酸钾给兰花根消毒的时候需要注意，高锰酸钾是一种强氧化剂，会与一些有机物发生氧化还原反应，这样就会失去其杀菌能力。所以，在配置高锰酸钾溶液时不可以用死水、污水或者热水，这样就会影响到高锰酸钾的消毒作用。同时，要防止与强碱性农药混合使用。
