二者地址不同:
汶川博物馆的地址位于:四川汶川县威州镇较场街；
汶川地震博物馆位于:四川大邑县安仁镇。
其次，二者设计师、面程大小、建成时间均不同。
汶川博物馆由上海世博会中国馆“东方之冠”的设计者何镜堂院士设计，于2009年11月1日开工，2010年3月20日竣工，总建筑面积9071平方米，是集博物馆、文化馆、图书馆和购书中心功能为一体的建筑。
汶川大地震博物馆，2009年5月11日开馆，展馆总面积6000平方米。选址点线面串成整体，建成世界一流的灾难性遗址博物馆，为申报世界文化遗产奠定基础。
区别在于展览的内容不同。因为汶川博物馆主要展览的是四川汶川的发展历史和部分文物，而汶川地震博物馆展览的是2008年地震的情景。所以区别在于展览的物品不同。
